Ведущее научное издание Nature опубликовало очень интересную работу группы биоинформатиков, которые научились предсказывать истинное число заразившихся коронавирусом, ориентируясь только на данные расшифрованных геномов, которые во множестве выкладываются в открытые базы. Получается, что буквально глядя на буковки A, U, G и C, из которых составлены РНК-геномы коронавируса, ученые могут сказать, что, например, в Дании переболело ковидом в полтора раза больше людей, чем зарегистрировано в официальной статистике.
Молекулярный биолог и научный журналист Ирина Якутенко комментирует в своем блоге эту публикацию:
«Идея этого инструмента (GINPipe) проста до гениальности. Мы знаем, сколько примерно времени коронавирус проводит в организме человека до момента, пока тот заразит следующего – примерно 3-5 дней. С другой стороны, мы знаем, как быстро накапливаются мутации при размножении вирусных геномов – с разными оговорками, это примерно постоянная величина. А значит, степень отличия геномов, выкладываемых в базы, должна коррелировать с общим числом людей, болеющих прямо сейчас. Чем их больше, тем больше будет отличий, и наоборот.
GINPipe загружает из баз данных все недавние геномы, каждый из которых имеет штампик о времени взятия образца, сравнивает их между собой, определяет количество отличий и выводит на основании этих данных размер популяции, в которой вирус размножался, чтобы накопить столько отличий. Ученые протестировали свой инструмент на реальных данных из разных стран, смогли восстановить динамику заболеваний в прошедшие месяцы и даже обнаружили несколько «микороволн», не отраженных в реальной статистике.
Это исследование особенно актуально в связи с повсеместным использованием быстрых антиген-тестов.
В России они все еще в новинку: в соцсетях уже много дней идет буча из-за решения наконец внедрить их в школы – практика, успешно используемая в Европе с конца лета, – но, очевидно, что чем дальше, тем больше они будут вытеснять ПЦР.
Антиген-тесты позволяют получить результат за несколько минут, и, хотя они обладают меньшей чувствительностью, при регулярном использовании они позволяют выявлять значительную часть всех зараженных. Ну и плюс, они выявляют тех, кто заразен прямо сейчас, что важно при тестировании людей, приходящих на какое-нибудь мероприятие. Но зато с антиген-тестами сложнее наладить оповещение о положительных результатах: условно, человек купил такой тест – в Германии, например, они стоят около 1,5-3 евро и продаются в супермаркетах – увидел положительный результат и остался дома на несколько дней. Но не сообщил о нем властям, потому что не хочет сидеть в карантине. Это плохо, но, будем реалистами, так делают многие. Предложенный в новой работе инструмент позволяет определять реальное число переболевших даже при наличии такого постоянного источника утечек…»
Между тем, антиген-тесты становятся все более популярными в цивилизованных странах. Как сообщают читатели Якутенко, эти экспресс-анализы позволяют гораздо спокойнее контактировать с другими людьми. К примеру, многие делают такие тесты перед тем, как навестить пожилых родственников – это значительно снижает риск заражения.
К тому же, не нужно упускать из виду такую простое качество, как честность. Один из комментаторов пишет: «нам в Англии и в голову не придет умолчать, тем более, что тесты бесплатны, бери хоть пачками. Народ привился и спокойно ходит по барам и магазинам без масок. Я все еще не могу расстаться с маской, как-то привыкли уже…»
А другой добавляет: «В Германии все-таки стимул у непривитых обнародовать положительный тест есть - это получить коронапасс на 6 месяцев, пусть и отсидев 10 дней на карантине. Вон, в Латвии еще и ковидные вечеринки делают, чтобы переболеть и получить QR-код…»