В 2016 году Бубеева признали виновным в публичных призывах к осуществлению экстремистской деятельности и деятельности, направленной на нарушение территориальной целостности России. Поводом для уголовного преследования послужил репост материала про Крым публициста Бориса Стомахина и картинка на эту же тему на странице Бубеева во «ВКонтакте».
Через сорок минут задержанных отпустили.
«Нас просто узнали. И прямо сказали, что теперь так будет часто», — рассказала тогда жена инженера Анастасия Бубеева.