По данным NEWS.ru и целого ряда украинских блогеров, силовики провели обыски в его киевском офисе и квартире. Следователи заявили, что возглавляемый Погребинским Киевский центр на постоянной основе изучал настроения украинского общества, а полученная информация передавалась в Кремль для планирования политики в отношении Украины. По словам украинских правоохранителей, «Погребинский готовил и передавал в РФ советы по информационным спецоперациям против Украины».
По мнению коллег Михаила Борисовича, власть, таким образом, хочет отомстить Погребинскому за его объективность и беспристрастность.
Как политолог, Михаил Погребинский часто выступал с политическими комментариями в российских СМИ. Он всегда говорил правду о том, что происходит вокруг, о тех, кто виноват в сложившейся ситуации. В отличие от многих он не стал убегать или прятаться. За что поплатился.