Казанцев командовал Объединенной группировкой войск на Северном Кавказе в 1999–2000 гг. Он возглавлял операции против боевиков на территории Чечни и Дагестана. В мае 2000-го Казанцев был уволен в запас. После чего был назначен полпредом президента в Южном федеральном округе. На этой должности он проработал до марта 2004 года. Генерал входил в оперативный штаб по управлению контртеррористическими действиями в Северо-Кавказском регионе.
Звание Герой России было присвоено Казанцеву в декабре 1999 года за антитеррористическую операцию в Дагестане и Чечне. Он также был удостоен ордена «За военные заслуги», ордена Дружбы, медали «За боевые заслуги».