В новой части фильма герой Киану Ривза, Нео, он же Томас Андерсон, вынужден жить с постоянным чувством, что он не может вспомнить о чем-то важном, и принимать синие таблетки, которые прописывает ему психотерапевт. Так продолжается до тех пор, пока он не встречает героя, похожего на Морфеуса: тот дает ему красную таблетку, и Нео оказывается вне Матрицы, рядом с Тринити и другими знакомыми по прежним сериям героям.
Сняла новый фильм одна из сестер Вачовски, Лана. Помимо Киану Ривза, к своим ролям вернулись Кэрри-Энн Мосс, Джада Пинкетт-Смит, Ламбер Вильсон, Даниэл Бернхард.