В 2015 году Андрей Нелидов был задержан по подозрению в получении взятки от предпринимателя и посредничестве во взяточничестве, с этого времени он находился в СИЗО и в колонии ИК-9 в Петрозаводске. Его обвинили в том, что занимая пост директора музея-заповедника "Кижи", он за взятку в размере 4,6 миллионов рублей предоставил возможность торговать на территории музея. Петрозаводский городской приговорил в 2018 году Андрея Нелидова к восьми годам колонии строгого режима, выплате 27,5 миллионов рублей штрафа и к лишению государственной награды.
Фактически ныне 63-летний Андрей Нелидов отсидел меньше срока и был условно-досрочно освобожден из колонии, сообщил начальник пресс-службы регионального управления ФСИН Виталий Фефелов. Жалоб от прокуратуры на решение суда о выходе Андрея Нелидова по УДО нет, - отмечает газета "КоммерсантЪ".