По данным РБК, поводом для задержания Исаева стал запрос Генпрокуратуры, связанный с расследованием уголовных дел о хищениях в Балтийском банке.
«В 2012 году между собственниками Балтийского банка произошел корпоративный конфликт, в результате банк отправился на санацию — санатором стал Альфа-банк, получивший на оздоровление 57,4 млрд руб.», — сообщает РБК.
Уголовное дело против Исаева было возбуждено в 2016 году по заявлению Балтийского банка. Следствие полагает, что в 2013 году Исаев вывел на подконтрольные ему организации часть активов Балтийского банка через выпуск новых паев. Благодаря этой афере принадлежавшая банку доля в 99% в ЗПИФН «Северная столица» была размыта до 46%, а затем имущество «Северной столицы», в том числе дом компании «Зингер» на Невском проспекте, перешли в собственность принадлежащего Исаеву Петербургского агентства недвижимости (ПАН).
Когда банк-санатор провел аудит заключенных договоров, то выяснилось, что через сеть подставных фирм-«прокладок» доходы от пользования дорогостоящей недвижимостью продолжали поступать в пользу Исаева. Это происходило несмотря на то, что агентство ПАН и сам Исаев по решениям судов были признаны банкротами, а экс-банкир был объявлен в федеральный и международный розыск.
Наряду с Исаевым под подозрение следствия попал и его бизнес-партнер Олег Шигаев. В 2015 году К возбудил против него уголовное дело о мошенничестве и отмывании денег на 3,36 млрд рублей. По ходатайству следствия Шигаев был также заочно арестован и объявлен в федеральный розыск.