На его диссертацию, защищенную в 2005 году, обратили внимание представители сообщества по борьбе с плагиатом в российской науке «Диссернет».
Как сообщает "Ридус", в документе сообщества «Ректоры России» за текущий год руководитель УрГЭУ упоминается среди ректоров российских вузов, «защитивших» списанные диссертации по экономическим наукам. «Диссернет» также включил Силина и в топ-50 худших ректоров РФ по недоброкачественным диссертациям и некорректным публикациям. В этом рейтинге ему отводится 44-е место.
Как указывается в созданном сообществом каталоге российских вузов «Диссеропедия», в докторской диссертации Якова Силина под названием «Теоретико-методологические подходы к анализу эволюции и современного состояния городской политики в России» обнаружено свыше полсотни заимствований из разных источников.
Как сообщает одно СМИ, в Екатеринбурге настоящее авторство диссертации Силина приписывают его научному руководителю — завкафедрой в его же вузе, профессору Евгению Анимице. У последнего ранее защищалась Наталья Власова — автор одной из диссертаций, из которых глава УрГЭУ взял некоторые положения своей работы.