Как сообщает правозащитное общество «Мемориал», большинство казнённых были осуждены Военной коллегией Верховного суда СССР как участники «правотроцкистского заговора». «Дела рассматривались в соответствии с постановлением ЦИК СССР от 1 декабря 1934 года — без участия адвокатов, без вызова свидетелей и без права на обжалование приговора. Большинство захороненных здесь — советские руководители разных рангов. Казнь происходила в день вынесения приговора», — говорится на сайте организации.
В 2007 году РПЦ открыла здесь храм святых Новомучеников и Исповедников Российских.
До передачи полигона в ведомство НКВД СССР здания объекта являлись дачей председателя ОГПУ и наркома НКВД Генриха Ягоды. 28 марта 1937 года Генриха Ягоду арестовали. Имущество с дачи вывезли. Судьбу дачи решил преемник Г. Ягоды — Николай Иванович Ежов. В своих рабочих записях он отчеканил: «Дачу Ягоды чекистам».
По оценкам экспертной комиссии Министерства безопасности Российской Федерации, на полигоне «Коммунарка» покоится прах от 10 до 11,4 тысяч человек. Из них по состоянию на 2010 год менее 5 тысяч человек были известны поимённо и внесены в списки, составленные обществом «Мемориал».