По словам источников агентства РИА "Новости", внутренняя комиссия РКК "Энергия" изучает книгу с замечаниями, которая имеется по каждому выпущенному кораблю. В ней есть лист со всеми нарушениями, которые были обнаружены в ходе производства или испытаний, и документы по их устранению.
Также отмечается, что некоторые сотрудники знали об отверстии и пытались заделать его ещё на Земле специальным клеем. По дороге к космодрому и на самом космодроме провести какие-либо манипуляции с космической техникой уже невозможно, так как вокруг космического корабля всегда "толпа специалистов обеспечения и контролеров". Также специалисты с иронией оценили версию, что "Союз МС-09" зачем-то просверлили сами космонавты, которую озвучивал как вероятную глава корпорации "Роскосмос" Дмитрий Рогозин.
Первоначально считалось, что трещина могла появиться при столкновении с микрометеоритом. Борясь с утечкой воздуха, российские космонавты заклеили отверстие специальным герметиком.