Счетная палата РФ обнаружила недостатки в расходовании средств из федерального бюджета на программу «Культура России (2006–2011 годы)» в 2009–2010 годах и первом полугодии 2011 года, которые выделялись на восстановление и сохранение религиозных объектов культурного наследия. Это заключение, сделанное по результатам проверки Министерства культуры, опубликовано на сайте СП.
Так, в документе Счетной палаты говорится, что «Минкультуры России не обладает полной и достоверной информацией о количестве и состоянии памятников истории и культуры федерального значения, в том числе находящихся в федеральной собственности», поскольку в России отсутствует единый государственный реестр объектов культурного наследия. Кроме того, «отсутствует долгосрочная политика Минкультуры по выбору объектов культурного наследия, нуждающихся в ремонтно-реставрационных работах». Выбор, согласно данным СП, определяется не исходя из решений Министерства культуры, а на основании заявок тех, кто исполняет работы по реставрации.
В заключении также говорится, что «проведение работ по сохранению объектов культурного наследия осуществляется в рамках одного финансового года без гарантии их дальнейшего финансирования в последующий период». Таким образом, у Минкультуры отсутствует комплексный подход к проведению реставрации.